フラッシュ2023年6月26日
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理研と富士通、アルファフォールドOSS版を富岳で高速化
by MITテクノロジーレビュー編集部 [MIT Technology Review Japan]理化学研究所と富士通の研究グループは、タンパク質の立体構造を推論するオープンソース・ソフトウェア「オープンフォールド(OpenFold)」をスーパーコンピューター「富岳」向けに高速化した。オープンフォールドは、英ディープマインド(現:グーグル・ディープマインド)が開発した「アルファフォールド2(AlphaFold2)」を基に、市販のGPUを利用できるようにしたソフトウェアで、Apache 2.0ライセンスで公開されている。
オープンフォールドは、GPUを利用した並列演算で計算速度を向上させているが、富岳はGPUを搭載しておらず、15万8976基の中央演算処理装置(CPU)を備えている。研究グループは、GPUで実現していた並列演算を、大量のCPUを利用した並列演算に書き直し、富士通が開発した高速化技術などを盛り込むことで、スループットを高めた。
富岳に実装し、高速化技術などを盛り込んだオープンフォールドで、1万件の入力アミノ酸配列を評価したところ、推論手順全体で、高速化技術などを盛り込む前に比べてスループットが6.3倍に高まった。富岳のシステム全体を使用すると、1時間当たりにおよそ120万件のアミノ酸配列を処理できる計算になるという。
研究成果は6月20日に米国フロリダ州で開催された学会「フレックスサイエンス 2023(FlexScience 2023)」で発表された。理研は、富岳のソフトウェアやアプリケーションの成果をArmアーキテクチャのCPUで動作するパブリック・クラウドでも利用可能にする「バーチャル富岳」の環境整備を進めている。今回の富岳版オープンフォールドもクラウド上で利用できる予定だ。
(笹田)
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