フラッシュ2023年6月26日

• 理研と富士通、アルファフォールドOSS版を富岳で高速化

  by MITテクノロジーレビュー編集部 [MIT Technology Review Japan]

  理化学研究所と富士通の研究グループは、タンパク質の立体構造を推論するオープンソース・ソフトウェア「オープンフォールド（OpenFold）」をスーパーコンピューター「富岳」向けに高速化した。オープンフォールドは、英ディープマインド（現：グーグル・ディープマインド）が開発した「アルファフォールド2（AlphaFold2）」を基に、市販のGPUを利用できるようにしたソフトウェアで、Apache 2.0ライセンスで公開されている。

  オープンフォールドは、GPUを利用した並列演算で計算速度を向上させているが、富岳はGPUを搭載しておらず、15万8976基の中央演算処理装置（CPU）を備えている。研究グループは、GPUで実現していた並列演算を、大量のCPUを利用した並列演算に書き直し、富士通が開発した高速化技術などを盛り込むことで、スループットを高めた。

  富岳に実装し、高速化技術などを盛り込んだオープンフォールドで、1万件の入力アミノ酸配列を評価したところ、推論手順全体で、高速化技術などを盛り込む前に比べてスループットが6.3倍に高まった。富岳のシステム全体を使用すると、1時間当たりにおよそ120万件のアミノ酸配列を処理できる計算になるという。

  研究成果は6月20日に米国フロリダ州で開催された学会「フレックスサイエンス 2023（FlexScience 2023）」で発表された。理研は、富岳のソフトウェアやアプリケーションの成果をArmアーキテクチャのCPUで動作するパブリック・クラウドでも利用可能にする「バーチャル富岳」の環境整備を進めている。今回の富岳版オープンフォールドもクラウド上で利用できる予定だ。

  （笹田）

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